Фамилия образована от мужского имени Исакей, которое является производной формой имени Исак: добавление окончания -ей – один из способов формирования нового имени. Имя Исакей может быть:

– результатом многократной поэтапной модификации церковнославянского имени Исаакий (см. ИСАКОВ), что наглядно просматривается на этимологической цепочке образования нового имени от прежнего, а от последнего – фамилии: ИСАКЕЕВ < Исакей < Исак < Исакий < Исаакий; 

– результатом многократной поэтапной модификации церковнославянского имени Исакий (см. ИСАКОВ), что наглядно просматривается на этимологической цепочке образования нового имени от прежнего, а от последнего – фамилии: ИСАКЕЕВ < Исакей < Исак < Исакий.    

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ев, означающий отчество либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам с конечным элементом -ей. Фамилии в этом случае оканчиваются на -еев, при этом конечный -й имени не исчезает в фамилии, он сливается в одно с -е- патронимического суффикса. При произношении таких фамилий -й- чётко произносится, но на письме отсутствует.

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Лучше уточнить у носителя фамилии.

Женская форма фамилии –  ИСАКЕЕВА.

ИСАКЕЕВ Иван Иванович.

Кавалер Ордена Великой Отечественной войны I степени.

Читать по теме: 

 См. Библиография. 1.  

- См. Библиография. 2. Стр. 125.

- См. Библиография. 3. Стр. 122. 

- См. Происхождение фамилий. 2.1., 2.1.2., 2.1.2.3., 4., 4.1., 4.1.7.