Фамилия образована от церковнославянского мужского имени Капито́н, которое берёт начало, возможно, от латинского «капито, капитонис» – «с большой головой». Возможно, имя заимствовано из латинского: «Капитон», эпитет Зевса, как усечение эпитета Капитолийский по месту культа в Риме при отождествлении Зевса с Юпитером.   

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ов, означающий отчество либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам, оканчивающимся на твёрдую согласную.

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – КАПИТОНОВ. 

КАПИТОНОВ Иван Васильевич.

Российская федерация, Самарская область. КНИГА ПАМЯТИ.  Т. 3, стр. 37.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1.  

- См. Библиография. 2. Стр. 128.

- См. Библиография. 3. Стр. 128.

- См. Происхождение фамилий. 2.1., 2.1.1., 3.1.