Фамилия по происхождению является застывшей формой притяжательного прилагательного родительного падежа множественного числа и образована от имени Ниний, к которому добавлен суффикс -евых. При формировании фамилии группа -ий-  имени перед гласным добавленного суффикса обычно редуцируется в -й-, который в разговорной речи зачастую произносится невнятно или совсем не произносится. В такой ситуации фамилия, записанная на слух, могла оканчиваться на -евых после корневого согласного имени вместо ожидаемого -ьевых.

Фамилия могла быть образована также в результате повторной стандартизации фамилии  НИНЕВ, при которой суффикс -ых добавлен к фамилии, уже оформленной фамильным суффиксом -ев.

Фамилия НИНЕВЫХ восходит к церковнославянскому имени Нин (см. НИНЕВ), что наглядно просматривается на этимологических цепочках её образования: 

НИНЕВЫХ < Ниний < Нин;

НИНЕВЫХ < НИНЕВ < Ниний < Нин. 

В фамилиях такого типа с тремя и более слогами ударение, как правило, совпадает с ударением в мотивирующем слове. В исходной фамилии ударение не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в итоговой фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – НИНЕВЫХ. 

НИНЕВЫХ Арсентий Ефремович.

Участник Великой Отечественной войны.    

Читать по теме:     

- См. Библиография. 4. Стр. 185.

- См. Библиография. 6. Часть 3, стр. 226.

- См. Происхождение фамилий.  2.6., 2.6.3., 2.6.3.1., 4., 4.1., 4.1.6.