Фамилия образована от церковнославянского мужского имени Пафну́тий, которое восходит к греческому «Папнутиос»: коптское (Египет) «па Пноуте» – «тот, который принадлежит Богу».    

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ев, означающий отчество либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам с конечным элементом -ий. В этом случае может быть сформировано до трёх фамилий от одного имени. Зачастую имена на -ий дают фамилии на -ьев. В русском языке группа -ий- перед гласным обычно редуцируется в -й-. При формировании фамилии редуцированный -й- не исчезает, а сливается в одно с -е- патронимического суффикса, он чётко произносится, но на письме отсутствует. Мягкость согласного, предшествующего окончанию -ий в имени, остаётся и в фамилии и обозначается на письме буквой -ь. 

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Лучше уточнить у носителя фамилии.  

Женская форма фамилии – ПАФНУТЬЕВА.

ПАФНУТЬЕВ Филипп Осипович.

Российская федерация, Самарская область. КНИГА ПАМЯТИ.  Т. 4, стр. 274.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1.  

- См. Библиография. 2. Стр. 176.

- См. Библиография. 3. Стр. 176. 

- См. Происхождение фамилий. 2.1., 2.1.2., 2.1.2.4., 3.1.