Фамилия образована от мужского имени Пеней, которое является производной формой имени Пен: добавление окончания -ей – один из способов формирования нового имени. Имя Пеней – результат модификации церковнославянского имени Пен (см. ПЕНОВ), что наглядно просматривается на этимологической цепочке образования нового имени от прежнего, а от него – фамилии: ПЕНЕЕВ < Пеней < Пен. 

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ев, означающий отчество либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам с конечным элементом -ей. Фамилии в этом случае оканчиваются на -еев, при этом конечный -й имени не исчезает в фамилии, он сливается в одно с -е- патронимического суффикса. При произношении таких фамилий -й- чётко произносится, но на письме отсутствует.

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Лучше уточнить у носителя фамилии.

Женская форма фамилии –  ПЕНЕЕВА.

ПЕНЕЕВ Константин Владимирович.

Участник Великой Отечественной войны.

Читать по теме: 

- См. Библиография. 4. Стр. 203.

 - См. Библиография. 5. Стр. 72.

- См. Происхождение фамилий. 2.1., 2.1.2., 2.1.2.3., 4., 4.1., 4.1.7.