Фамилия образована от церковнославянского женского имени Пе́на, которое в разные годы входило в многочисленные православные церковные календари, но отсутствует в современных месяцесловах, начиная с 1891 года. Имя берёт начало, возможно, от греческого «пене» – «веретено».  

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ин, означающий отчество (матчество) либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам оканчивающимся на -а или -я, замещая окончания, и ко всем женским именам и прозвищам независимо от конечного элемента, замещая конечные гласные и букву -ь, если таковые имеются.

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Лучше уточнить у носителя фамилии.

Женская форма фамилии – ПЕНИНА.

ПЕНИН Александр Ефимович.

Российская федерация, Самарская область. КНИГА ПАМЯТИ.  Т. 4, стр. 278.

Читать по теме:  

- См. Библиография. 4. Стр. 350.

- См. Библиография. 5. Стр. 72.

- См. Происхождение фамилий. 2.1., 2.1.3., 2.1.3.1., 3.1.