Фамилия образована от мужского имени Петруний, которое является производной формой имени Петрун: добавление окончания -ий – один из способов формирования нового имени. Имя Петруний – результат модификации церковнославянского имени Петрун (см. ПЕТРУНОВ), что наглядно просматривается на этимологической цепочке образования нового имени от прежнего, а от него – фамилии: ПЕТРУНЬЕВ < Петруний < Петрун. 

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ев, означающий отчество либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам с конечным элементом -ий. В этом случае может быть сформировано до трёх фамилий от одного имени. Зачастую имена на -ий дают фамилии на -ьев. В русском языке группа -ий- перед гласным обычно редуцируется в -й-. При формировании фамилии редуцированный -й- не исчезает, а сливается в одно с -е- патронимического суффикса, он чётко произносится, но на письме отсутствует. Мягкость согласного, предшествующего окончанию -ий в имени, остаётся и в фамилии и обозначается на письме буквой -ь. 

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Лучше уточнить у носителя фамилии.  

Женская форма фамилии – ПЕТРУНЬЕВА.

ПЕТРУНЬЕВ Сергей Фёдорович.                                   

Кавалер Ордена Красной Звезды. 

Читать по теме:

- См. Библиография. 4. Стр. 204.

- См. Происхождение фамилий. 2.1., 2.1.2., 2.1.2.4., 4., 4.1., 4.1.6.