Фамилия является продуктом приведения фамильного антропонима на -цкий ПРОТОЦКИЙ к стереотипу фамилий на -ов ПРОТОЦКОВ, и обе фамилии могут восходить к церковнославянским именам Прот и Протий (см. ПРОТОЦКИЙ):

ПРОТОЦКОВ < ПРОТОЦКИЙ < Прот;

ПРОТОЦКОВ < ПРОТОЦКИЙ < Прот < Протий.

Такая повторная стандартизация характерна для донского ареала русских фамилий, где стремились привести к единому типу фамильных антропонимов  на -ов фамилии с другими конечными элементами.         

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – ПРОТОЦКОВА.

ПРОТОЦКОВ Григорий Степанович.

Участник Великой Отечественной войны.

Читать по теме:     

- См. Библиография. 1.  

- См. Библиография. 2. Стр. 184.  

- См. Библиография. 3. Стр. 181.

 - См. Происхождение фамилий. 2.6., 2.6.1., 2.6.1.2., 3.1., 4., 4.1., 4.1.1.