Фамилия образована от церковнославянского мужского имени Протоге́н, которое восходит к греческому «Протогенес»: «протогенес» – «перворожденный, первенец». РПЦ определяет первоисточник образования имени со значением «перворожденный» греческого происхождения. 

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ов, означающий отчество либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам, оканчивающимся на твёрдую согласную.

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Лучше уточнить у носителя фамилии.

Женская форма фамилии – ПРОТОГЕНОВА.

ПРОТОГЕНОВ Владимир Сергеевич.

Жертва политического террора в СССР. Книга памяти Самарской обл.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1.  

- См. Библиография. 2. Стр. 184.  

- См. Библиография. 3. Стр. 182.

- См. Происхождение фамилий. 2.1., 2.1.1., 3.1.