Фамилия образована в результате повторной стандартизации фамилии АГАФИН, при которой суффикс -ов добавлен к фамилии, уже оформленной фамильным суффиксом -ин. Фамилия АГАФИНОВ может восходить к церковнославянским именам  Агафа и Агафия (см. АГАФИН), что наглядно просматривается на этимологических цепочках её образования:

АГАФИНОВ < АГАФИН < Агафа.

АГАФИНОВ < АГАФИН < Агафа < Агафия.

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – АГАФИНОВА.

АГАФИНОВ Иван Иванович.

Участник Великой Отечественной войны.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1. 

- См. Библиография. 2. Стр. 39.

- См. Библиография. 4. Стр. 278.   

 - См. Библиография. 6. Часть 3, стр. 167.

- См. Происхождение фамилий. 2., 2.1., 2.6., 2.6.1., 2.6.1.1., 3.1., 4., 4.1., 4.1.11.