Фамилия по происхождению является застывшей формой притяжательного прилагательного родительного падежа множественного числа и образована от имени Фома, к основе которого добавлен суффикс -иных. Фамилия могла быть образована также в результате повторной стандартизации фамилии  ФОМИН, при которой суффикс -ых добавлен к фамилии, уже оформленной фамильным суффиксом -ин. Фамилия ФОМИНЫХ восходит к церковнославянскому имени Фома (см. ФОМИН), что наглядно просматривается на этимологических цепочках её образования: 

ФОМИНЫХ < Фома;

ФОМИНЫХ < ФОМИН < Фома.

Фамилии с конечным элементом -их/-ых первоначально появились в северорусских районах, а затем были занесены  переселенцами на Урал и в Сибирь, где они прочно закрепились. Причём настолько прочно, что фамилии в данных регионах могли претерпевать повторную стандартизацию, где стремились привести к единому типу фамилий на -их/-ых фамилии с другими конечными элементами.

В фамилиях на -овых/-евых, ударение никогда не падает на конечный слог, тогда как в фамилиях на -иных оно зачастую на конечном слоге.  И всё же, ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – ФОМИНЫХ. 

ФОМИНЫХ Николай Фёдорович.

Герой Советского Союза.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1.  

- См. Библиография. 2. Стр. 226.  

- См. Библиография. 3. Стр. 226.

- См. Происхождение фамилий. 2.6., 2.6.3., 2.6.3.1., 3.1.