Фамилия образована от имени Кутона, которое является производной формой имени Кутония: замена окончания -ия мужских и женских имён на -а – один из способов формирования нового имени. Имя Кутона – результат модификации церковнославянского имени Кутония, что наглядно просматривается на этимологической цепочке образования нового имени от прежнего, а от него – фамилии: КУТОНИН < Кутона < Кутония. Каноническое имя Кутония в разные годы входило в многочисленные православные церковные календари, но отсутствует в современных месяцесловах, начиная с 1891 года. Возможно, имя женской формой церковнославянского мужского имени Кутоний (см. КУТОНОВ). 

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ин, означающий отчество (матчество) либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам оканчивающимся на -а или -я, замещая окончания, и ко всем женским именам и прозвищам независимо от конечного элемента, замещая конечные гласные и букву -ь, если таковые имеются.   

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – КУТОНИНА.

КУТОНИН Анатолий Фёдорович.

Кавалер Ордена Отечественной войны II степени.   

Читать по теме:

- См. Библиография. 6. Часть 1, стр. 177.

- См. Происхождение фамилий. 2., 2.1., 2.1.3., 2.1.3.1., 4., 4.1., 4.1.11.