Фамилия по происхождению является застывшей формой притяжательного прилагательного родительного падежа множественного числа и образована от имени Митрафан, к основе которого добавлен суффикс -овых. Фамилия могла быть образована также в результате повторной стандартизации фамилии МИТРАФАНОВ, при которой суффикс -ых добавлен к фамилии, уже оформленной фамильным суффиксом -ов. Фамилия МИТРАФАНОВЫХ восходит к церковнославянскому имени Митрофан (см. МИТРАФАНОВ), что наглядно просматривается на этимологических цепочках её образования: 

МИТРАФАНОВЫХ < Митрафан < Митрофан; 

МИТРАФАНОВЫХ < МИТРАФАНОВ < Митрафан < Митрофан. 

Фамилии с конечным элементом -их/-ых первоначально появились в северорусских районах, а затем были занесены переселенцами на Урал и в Сибирь, где они прочно закрепились. Причём настолько прочно, что фамилии в данных регионах могли претерпевать повторную стандартизацию, где стремились привести к единому типу фамилий на -их/-ых фамилии с другими конечными элементами.

В фамилиях на -овых/-евых, ударение никогда не падает на конечный слог, тогда как в фамилиях на -иных оно зачастую на конечном слоге.  И всё же, ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

 Женская форма фамилии – МИТРАФАНОВЫХ.

МИТРАФАНОВЫХ Николай.

Участник Великой Отечественной войны.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1.  

- См. Библиография. 2. Стр. 160.

- См. Библиография. 3. Стр. 159.

- См. Происхождение фамилий. 2.6., 2.6.3., 2.6.3.1., 4., 4.2., 4.2.2.