Две версии образования фамилии:  

1. Фамилия образована от мужского имени Софон, которое является производной формой канонического имени Софония: отсечение конечного -иямужских имён – один из способов формирования нового имени. Имя Софон – результат модификации церковнославянского имени Софония, что наглядно просматривается на этимологической цепочке образования нового имени из прежнего, а от него – фамилии: СОФОНОВ < Софон < Софония. Церковнославянское имя Софония восходит к греческому «Софонис», заимствованному из древнееврейского «Sefanja»: «sefanja» – «Яхве (бог) спрятал» или «сохранил (бог) Яхве». РПЦ определяет первоисточник образования имени со значением «Господь защищает» еврейского происхождения.

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ов, означающий отчество либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам, оканчивающимся на твёрдую согласную.  

2. Фамилия образована от имени Софона, которое является производной формой имени Софония: замена окончания -ия мужских и женских имён на -а – один из способов формирования нового имени. Имя Софона – результат модификации церковнославянского имени Софония, что наглядно просматривается на этимологической цепочке образования нового имени от прежнего, а от него – фамилии: СОФОНОВ < Софона < Софония. Каноническое имя Софония восходит к греческому «Софонис», заимствованному из древнееврейского «Sefanja»: «sefanja» – «Яхве (бог) спрятал» или «сохранил (бог) Яхве». РПЦ определяет первоисточник образования имени со значением «Господь защищает» еврейского происхождения. 

Мужские и женские имена и прозвища с окончанием -а или -я или только женские с конечным твёрдым согласным без окончания или с окончанием -о зачастую выдают фамилии на -ов вместо ожидаемого -ин, при этом суффикс -ов присоединяется к конечной согласной основы мотивирующего слова вместо окончания, если таковое имеется. Происходит это благодаря большей популярности первого фамильного суффикса над вторым.

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Лучше уточнить у носителя фамилии.

Женская форма фамилии – СОФОНОВА.

СОФОНОВ Иван Софонович.                     

Участник Великой Отечественной войны.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1.  

- См. Библиография. 2. Стр. 203.

- См. Библиография. 4. Стр. 236.

 - См. Происхождение фамилий. 2., 2.1., 2.1.1., 2.1.4., 4., 4.1., 4.1.5., 4.1.11.